Kliv

Cette page a été traduite de l’anglais.

Santé

Créez une plateforme de recherche biomédicale et génomique

Kliv est un créateur d’applications par IA. Décrivez votre flux de travail de recherche biomédicale et génomique, et il construit une vraie plateforme pour les échantillons, la portée du consentement, les cohortes, les pipelines, la traçabilité et les journaux d’audit.

kliv.dev

Entrez simplement votre idée dans la zone de texte et AI la construira pour vous

429 caractères

Qu’est-ce que Kliv ?

Kliv n’est pas un logiciel de laboratoire à workflow figé. C’est un créateur d’applications par IA qui construit le logiciel pour vous.

Vous décrivez l’application dont vous avez besoin avec vos propres mots, et Kliv la construit : les fiches d’échantillons, les règles de consentement, les cloisons entre cohortes, les fonctions de pipeline, les écrans, les journaux et les rapports. Vous obtenez une véritable application qui vous appartient. Vous pouvez la faire tourner sur votre propre domaine ou vos comptes institutionnels, conserver le code source dans votre propre dépôt Git, et la faire évoluer plus tard en demandant des changements. Ce n’est pas un modèle habillé de vocabulaire de recherche.

Sur cette page, cette application est une plateforme de recherche biomédicale et génomique. Kliv construit toutes sortes d’applications web ; celle-ci est bâtie autour de la gouvernance, de la traçabilité et d’opérations de recherche reproductibles.

Pourquoi construire votre propre plateforme de recherche ?

Un lecteur partagé peut stocker des fichiers, mais il ne peut pas faire respecter les règles qui rendent une recherche défendable. Un échantillon soumis à un consentement cardiaque ne doit pas entrer dans une analyse sans rapport, un site partenaire ne doit pas voir la cohorte d’un autre site, et un résultat doit pouvoir remonter jusqu’à la version du pipeline qui l’a produit.

Kliv intègre ces règles dans l’application. La portée du consentement réside sur l’échantillon, l’accès aux cohortes est appliqué au niveau de la lecture des lignes, et les pipelines sont des fonctions versionnées dont les résultats portent l’empreinte de la méthode qui les a produits.

Ce que porte un échantillon

Les fiches et les règles qui rendent la science auditable.

Fiche d’échantillon

La référence d’accession, le site source, l’emplacement en congélateur et la portée du consentement figurent sur l’échantillon. Les analyses peuvent lire cette portée avant d’utiliser l’échantillon.

Verrou de consentement

Une analyse restreinte au consentement cardiaque ne reçoit pas d’échantillons réservés à l’oncologie. Le retrait du consentement exclut l’échantillon des exécutions futures.

Cloisons entre cohortes

Chaque site partenaire peut être une organisation, et chaque cohorte appartient à une seule. Un chercheur du site B ne lit que les échantillons du site B.

Pipeline versionné

L’alignement, l’appel de variants et l’annotation peuvent être des fonctions côté serveur, chaque résultat portant l’empreinte d’une version.

Assistant protocoles

Un assistant ancré dans les procédures opératoires normalisées du laboratoire et les articles chargés peut faire remonter des protocoles et en citer les sources. Il ne parcourt pas le web ouvert, n’invente pas de protocoles, ne donne pas de conseil clinique, et les échanges peuvent être conservés.

Un exemple : le groupe de génomique du Dr Camille Rousseau

Voici comment un groupe de recherche pourrait l’utiliser. Ce n’est qu’un exemple — vous décririez vos propres études, consentements, partenaires, pipelines et règles de gouvernance.

01

Un échantillon entre avec sa portée de consentement

Un prélèvement arrive du site A avec un consentement pour l’étude cardiaque. Il est enregistré comme une ligne avec sa portée attachée, de sorte que le consentement devienne un champ que l’application peut faire respecter.

02

L’inclusion filtre selon l’usage autorisé

Un chercheur constitue une cohorte cardiaque. L’échantillon sous consentement cardiaque est éligible, tandis qu’un échantillon réservé à l’oncologie n’apparaît jamais dans l’ensemble renvoyé à cette analyse.

03

L’exécution porte l’empreinte de sa méthode

Le pipeline d’appel de variants traite la cohorte. Chaque résultat enregistre la version du pipeline qui l’a produit, ce qui donne au résultat sa traçabilité ultérieure.

04

Les frontières entre partenaires tiennent

Le site B se connecte pour travailler sur sa propre cohorte. Les échantillons du site A ne sont pas masqués par un filtre ; pour le site B, ils sont simplement hors des lignes servies par la base de données.

05

Un relecteur peut retracer le résultat

Un an plus tard, un relecteur demande comment un variant a été appelé. La réponse pointe vers la fonction versionnée et l’enregistrement de l’exécution, pas vers un script sur un ancien ordinateur portable.

Décrivez ce que vous voulez construire

Kliv construit à partir de votre description, donc plus vous donnez de détails, plus la première version s’en rapproche. Précisez la portée du consentement, les frontières entre organisations, les versions de pipeline, les journaux d’audit et ce que l’application ne doit pas faire. En voici trois pour vous lancer :

kliv.dev

Biobanque à consentement scopé

La portée du consentement voyage avec chaque échantillon.

“Construisez un registre d’échantillons pour notre groupe de recherche translationnelle. Chaque prélèvement a un numéro d’accession, un site source, un emplacement en congélateur, une portée de consentement et un statut de retrait. Les analyses doivent refuser les échantillons hors de leur portée de consentement autorisée, et les échantillons retirés doivent être exclus de toutes les exécutions futures.”

kliv.dev

Cohortes de consortium cloisonnées

Chaque partenaire ne voit que ses propres échantillons et cohortes.

“Construisez des cohortes multi-sites pour notre consortium de génomique. Chaque site partenaire est une organisation, chaque cohorte appartient à une seule organisation, les chercheurs ne peuvent lire et constituer des cohortes qu’à partir des échantillons de leur propre site, et les journaux d’audit enregistrent chaque consultation et export de cohorte.”

kliv.dev

Pipelines d’analyse versionnés

Chaque résultat remonte à la méthode qui l’a produit.

“Ajoutez des pipelines d’analyse sous forme de fonctions versionnées côté serveur. Associez à chaque résultat le nom du pipeline, sa version, la date d’exécution, la cohorte d’entrée et les paramètres, et affichez un rapport de reproductibilité pour chaque figure publiée.”

Reproductible par construction

Il s’agit d’une infrastructure de recherche, pas d’un outil de décision clinique. La plateforme gère les échantillons, le consentement, les cohortes, les pipelines, les journaux et la traçabilité. L’interprétation et le jugement clinique restent entre les mains des chercheurs et cliniciens qui en sont responsables.

La méthode est du code que vous pouvez récupérer. Le code source de la plateforme, y compris les fonctions de pipeline, peut se synchroniser avec un dépôt Git appartenant à votre institution. Un collaborateur peut lire une fonction d’appel de variants et la réexécuter dans son propre environnement lorsque les autorisations le permettent.

La gouvernance est auditable a posteriori. Qui a consulté quelle cohorte, quand un consentement a été retiré, et quelle version de pipeline a touché un résultat : tout cela peut être répondu à partir du journal, dans l’ordre demandé par un comité de surveillance.

Une plateforme de recherche se juge à la solidité de ses règles sur chaque ligne. La page des applications IA couvre les applications où l’intelligence n’est qu’un composant et où la gouvernance qui l’entoure compte tout autant.

Questions fréquentes

Qu’est-ce que Kliv exactement ?

Kliv est un créateur d’applications par IA qui crée des applications web sur mesure à partir d’une description. Pour la recherche génomique, il construit les fiches d’échantillons, les règles de consentement, les frontières entre cohortes, les fonctions de pipeline, les journaux d’audit et les rapports autour des opérations de votre étude.

Est-ce que j’obtiens une vraie application, ou un modèle ?

Une vraie application. Kliv construit la base de données, les règles, les écrans, les fonctions et les journaux pour vos flux de travail, pas un traceur de recherche générique.

Puis-je la modifier une fois construite ?

Oui. Vous pouvez demander des changements plus tard, comme un nouveau champ de consentement, une nouvelle frontière partenaire, un pipeline supplémentaire, ou un rapport d’audit différent.

La plateforme donne-t-elle des diagnostics ou des interprétations cliniques ?

Non. C’est une infrastructure de recherche. Elle gère les échantillons, fait respecter le consentement, exécute vos pipelines et conserve la traçabilité. L’interprétation reste entre les mains des chercheurs et cliniciens responsables.

Comment le consentement est-il appliqué ?

La portée du consentement est un champ sur l’échantillon, et les analyses filtrent sur ce champ avant l’inclusion. Un échantillon hors de l’usage autorisé ne figure pas parmi les lignes qu’une analyse reçoit.

Deux sites d’un consortium peuvent-ils partager la plateforme sans voir les données l’un de l’autre ?

Oui. Chaque site peut être une organisation, et des règles au niveau des lignes peuvent limiter les chercheurs à leurs propres échantillons et cohortes.

Comment savons-nous qu’un résultat peut être reproduit ?

Chaque résultat peut porter l’empreinte de la version du pipeline qui l’a produit, et le pipeline peut être une fonction versionnée dans votre propre dépôt Git.

Que se passe-t-il quand un consentement est retiré ?

L’échantillon peut être marqué comme retiré et exclu de toute exécution future. L’événement de retrait est enregistré pour l’audit.

Un comité de surveillance peut-il auditer les accès ?

Oui. Les journaux d’accès peuvent montrer qui a consulté, modifié, exporté ou exécuté des analyses sur des cohortes, avec horodatage.

L’assistant peut-il rechercher dans nos protocoles ?

Oui. Un assistant peut être ancré dans les procédures opératoires normalisées et les articles chargés, citer la source qu’il a utilisée, éviter le web ouvert et conserver les échanges. Il ne doit pas inventer de protocoles ni donner de conseil médical.

Puis-je utiliser mon propre domaine ou mes comptes institutionnels ?

Oui. L’application peut fonctionner sur votre propre domaine ou vos propres comptes, selon la configuration de votre environnement.

Puis-je quitter Kliv plus tard ?

Oui. Le code se synchronise avec votre propre dépôt Git, donc partir se résume à un git pull plutôt qu’à une reconstruction.

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